在探讨生物制药的可持续发展时，一个常被忽视却又至关重要的因素是农作制度的变革，随着全球人口增长和资源压力的加剧，传统农作制度正经历着前所未有的转变，这直接或间接地影响着作为生物制药关键原料的作物生长与质量。
农作制度的密集化种植（如单一种植、连作）虽提高了单位面积产量，却也导致了土壤退化、病虫害频发等问题，进而影响药用植物的有效成分含量和稳定性，某些药用植物在连作条件下，其活性成分可能因土壤微生物群落失衡而显著降低。
农作制度的机械化、化学化趋势虽提升了生产效率，但过度使用化肥和农药不仅污染环境，还可能残留在药用植物中，影响其安全性和药效，这种非生态的种植方式还可能破坏生态平衡，影响野生药用植物的生存与繁衍，进而减少生物制药的原材料来源。
面对农作制度的变革，生物制药行业需采取相应措施：如推广轮作、间作等生态种植模式，减少化学物质的投入；利用生物技术改良作物品种，提高其抗逆性和有效成分含量；以及加强药用植物资源的保护与可持续利用研究，确保生物制药产业的原材料安全与稳定。
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